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【摘要】 本發(fā)明涉及一種計(jì)算機(jī)應(yīng)用技術(shù)領(lǐng)域的交叉反 應(yīng)抗原計(jì)算機(jī)輔助篩選的方法。本發(fā)明建立病原微生物和人特 異組織細(xì)胞的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集，然后通過(guò)局部序列比對(duì)算法，得 到給定長(zhǎng)度的相似子序列對(duì)；建立B細(xì)胞線性表位和非線性表 位的數(shù)據(jù)集，特征提取，用于支持向量機(jī)(SVM)的學(xué)習(xí)訓(xùn)練， 將訓(xùn)練好的SVM預(yù)測(cè)相似子序列的B細(xì)胞線性表位的可能性， 根據(jù)B細(xì)胞線性表位的可能性大小篩選出可能性較大的相似 子序列。本發(fā)明是傳統(tǒng)免疫學(xué)實(shí)驗(yàn)方法篩選交叉抗原的重要補(bǔ) 充，通過(guò)向?qū)嶒?yàn)免疫學(xué)家提供候選交叉反應(yīng)抗原，大大減少了 他們的實(shí)驗(yàn)工作量，為傳統(tǒng)免疫學(xué)實(shí)驗(yàn)方法失敗時(shí)提供了又一 解決思路。 【專利類型】發(fā)明申請(qǐng) 【申請(qǐng)人】上海交通大學(xué) 【申請(qǐng)人類型】學(xué)校 【申請(qǐng)人地址】200240上海市閔行區(qū)東川路800號(hào) 【申請(qǐng)人地區(qū)】中國(guó) 【申請(qǐng)人城市】上海市 【申請(qǐng)人區(qū)縣】閔行區(qū) 【申請(qǐng)?zhí)枴緾N200610029136.0 【申請(qǐng)日】2006-07-20 【申請(qǐng)年份】2006 【公開(kāi)公告號(hào)】CN1889086A 【公開(kāi)公告日】2007-01-03 【公開(kāi)公告年份】2007 【授權(quán)公告號(hào)】CN100428254C 【授權(quán)公告日】2008-10-22 【授權(quán)公告年份】2008.0 【IPC分類號(hào)】G06F19/00 【發(fā)明人】陳軍; 楊杰; 劉蕙 【主權(quán)項(xiàng)內(nèi)容】1、一種交叉反應(yīng)抗原計(jì)算機(jī)輔助篩選的方法，其特征在于，建立病原微生 物和人特異組織細(xì)胞的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集，然后通過(guò)局部序列比對(duì)算法，得到給定長(zhǎng) 度的相似子序列對(duì)，建立B細(xì)胞線性表位和非線性表位的數(shù)據(jù)集，特征提取， 用于支持向量機(jī)SVM的學(xué)習(xí)訓(xùn)練，將訓(xùn)練好的SVM檢測(cè)相似子序列的B細(xì)胞 線性表位的可能性，根據(jù)B細(xì)胞線性表位的可能性大小篩選出可能性較大的相 似子序列。 【當(dāng)前權(quán)利人】上海交通大學(xué) 【當(dāng)前專利權(quán)人地址】上海市閔行區(qū)東川路800號(hào) 【統(tǒng)一社會(huì)信用代碼】1210000042500615X0 【被引證次數(shù)】7 【被自引次數(shù)】4.0 【被他引次數(shù)】3.0 【家族引證次數(shù)】5.0 【家族被引證次數(shù)】7

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